برخی باایجاد یک شبهه حواله مذاکران هسته ای رامستقیم به رهبری انقلاب احاله داده وبایک فضاسازی هرگونه انتقاد از مداکرات را مخالف بامواضع رهبری وباعنوان این مطلب که رهبری ازتیم هسته ای تقدیرنمودند این روند رابرای پیشبرد اهداف دولت در پرونده هسته ای تسهیل مینمایند

 شبهه :
تمام مذاکرات تحت نظر رهبری است و اگر متن توافق اشکالی داشت مقام معظم رهبری اجازه توافق را نمیدادند.

 رهبری انقلاب :

برخی اوقات گفته می شود که جزئیات این مذاکرات، زیر نظر رهبری است در حالیکه این سخن دقیق نیست. من نسبت به مذاکرات بی تفاوت نیستم اما تا بحال در جزئیات مذاکرات دخالت نکرده ام و از این پس هم دخالت نخواهم کرد. من مسائل کلان، خطوط اصلی، چارچوبها و خط قرمزها را عمدتاً به رئیس جمهور و در برخی موارد محدود به وزیر امور خارجه گفته ام اما جزئیات در اختیار آنها است. (20 فروردین 94)

عده ای تشکر و حمایت رهبری را مترادف با تایید متن توافق میدانند

 پاسخ :
من از همه‌ی توانی که در اختیارم هست استفاده خواهم کرد برای کمک به دولت؛ دولت را تأیید می‌کنم، حمایت می‌کنم، مثل همه‌ی دولت‌های گذشته… همه‌ی دولت‌هایی که بعد از انقلاب سر کار آمدند، دولت‌های منتخب مردمند و بنده در همه‌ی این دوره‌ها - آن‌وقتی که مسئولیّت داشتم - از همه‌ی این دولت‌ها حمایت کردم.
(دیدار با مسئولان نظام - رمضان 94)

 اما نظر مقام معظم رهبری در مورد توافق :

البتّه برای تصویب این متن، یک مسیر قانونیِ پیش‌بینی‌شده‌ای وجود دارد که باید این مسیر را طی کند و خواهد کرد؛ ان‌شاءالله. انتظار ما این است که دست‌اندرکاران، با دقّت مصالح را -مصالح کشور را، مصالح ملّی را- در نظر بگیرند و آنچه را تحویل ملّت خواهند داد، بتوانند با گردن افراشته، در مقابل خدای متعال هم ارائه بدهند (عید فطر 94)

همانطور که مقام معظم رهبری فرمودند، ایشان فقط و فقط خطوط قرمز را مشخص کردند و جزئیات مذاکره به عهده تیم مذاکره کننده و تصویب آن به عهده مجلس است و از دست اندر کاران خواستند برای تصویب این توافق مصالح و منافع مردم را در نظر بگیرند.

? سوال : اگر سطح فاجعه مذاکرات در حدی است که شما میگویید، پس چرا رهبری اجازه میدهد که چنین اتفاقی رخ بدهد ؟

حکومت اسلامی 3 رکن دارد،
 رهبر
خواص
عموم مردم
حکومت اسلامی زمانی به هدف خود میرسد که هر 3 اینها به وظیفه خود عمل کنند.

 اگر تنها بار حکومت را به دوش رهبری بیاندازید، ولی فقیه که سهل است، ولی الله اعظم هم به اهدافش نمیرسد.( مراجعه کنید به تاریخ صدر اسلام، چرا امام معصوم، علی علیه السلام "این عمار" گفت ؟

 امام خامنه ای در سخنرانی اخیر خود در جمع معلمان و فرهیختگان به صراحت نخبگان را در کنار مسئولین مورد خطاب قرار میدهد)
- اصول تعامل رهبری با دولت ها مبتنی بر 4 اصل است
 حمایت از دولت ها - اعطای فرصت برای تحقق سیاست ها
- تذکر خطاها
 - ورود برای جلوگیری از تکرار خطاها.
 مثالش تصریح امام خامنه ای از اینکه من از تمام دولت ها حمایت میکنم. حمایت از دولت ها به معنی تایید سیاست ها نیست، حمایت از اشخاص به معنی تایید برنامه ها نیست، موضع ما این است که ما از مذاکره کنندگان حمایت میکنیم، زیرا اینها نماینده ایران هستند، مانند باشگاه فوتبالی که ما طرفدار آن نیستیم ولی در مسابقات بین المللی به خاطر اینکه نماینده ایران هستند از آن حمایت میکنیم
از آنجا که حکومت اسلامی یک حکومت استبدادی نیست و مبتنی بر روش شورایی و مشورتی است، رهبری اجازه میدهند که هر دولتی که می آید سیاست های خود را پیش ببرد اما این به معنای این نیست که این استراتژی مورد قبول ایشان است، به همین خاطر اشکالات خود را همواره به سیاست ها اعلام میکند، اما چون مورد نظر دولت است، اجازه میدهد این سیاست جلو برود
نمونه اش 13 آبان که رهبری میگوید "من به مذاکرات خوشبین نیستم" یا "عده ای در دولت قبل و این دولت فکر میکنند که اگر با آمریکایی ها بنشینند این مشکلات حل میشود،
 اگر چه ما میدانستیم اینگونه نیست ولی اجازه دادیم یک بار دیگر ملت ایران تجربه بکند"

پس در حالی که اجازه میدهند این روند انجام شود، نظر خود را اعلام میکنند که این سیاست درست نیست و مثال های بسیار دیگری از این قبیل وجود دارد.
- در صورتی که اشتباه بودن یک سیاست برای عموم مردم و خواص مشخص شود رهبری اجازه ادامه آن سیاست را نمیدهند. مفهوم مخالفش این است که اگر مردم و خواص فکر کنند که آن سیاست درست است، ممکن است اجازه داده شود که آن سیاست اشتباه انجام شود، به این دلیل که در جامعه اسلامی ملت باید به بلوغ برسد، جامعه اسلامی یک حکومت جمعی است و بنا نیست که رهبر جلو بیافتد و بفرماید که دنبال من بیایید. نه، خود فرد هم باید به رشد و بلوغ برسد، پس باید به مردم و خواص ناآگاه فرصت خطا کردن داده شود.